论文查重系统的工作原理主要是通过对比待检测论文与已有文献的相似度来判断是否存在抄袭行为。系统会通过分析文本内容、词语频率、句法结构等特征，然后将这些特征与数据库中的文献进行比对，最终生成相似度报告。同时，查重系统还会采用文本处理算法、信息检索技术等手段来提高查重的准确性和效率。

另外，论文查重系统还会运用自然语言处理、机器学习等技术，对文本进行深层次的分析和处理。系统会识别文本中的关键词、语义信息，利用算法模型来检测文本之间的相似度。通过这些技术手段，论文查重系统能够全面、快速地检测出文本之间的重复部分，帮助学术界和出版社维护学术诚信和版权。